Secondo una tradizione etimologica, il toponimo deriverebbe dal nome Minicio (riportato nell'iscrizione romana murata nella facciata della chiesa di S.Marta e dedicata a Lucio Minicio Exorato), notabile romano della tribų Ufentina, dalle molte cariche: ma tale spiegazione fu proposta nel XVI secolo dall'umantista menaggino Francesco Calvi, che cercava di dare ascendenti nobili al proprio paese ; tra l'altro l'epitaffio fu rinvenuto nel lago a Santa Maria Rezzonico (ora San Siro), tre chilometri pių a nord, e venne fatto trasportare a Menaggio dallo stesso Calvi. Pių attendibile la derivazione dalla radice indoeuropea "men"(monte) e dal celtico "uigg"(acqua): il nome significherebbe dunque acqua di monte, con riferimento al fiume Senagra.